云南省農業科學院是云南省政府直接領導的多學科、綜合性公益性農業科研機構，承擔著云南省全局性、關鍵性、戰略性重大農業科技問題的研究任務。建院三十多年來，為云南農業和農村經濟的發展，尤其是為主要農產品從長期短缺到基本平衡、豐年有余的歷史性轉變；為農業生物資源開發支柱產業的形成做出了重要貢獻。全院下屬15個研究所，掛靠有農業部南方高原農業生物技術重點實驗室、國家水稻改良（云南）分中心、農業部農產品質量監督檢驗測試中心（昆明）等國家、農業部、云南省各類資源圃、繁育中心、重點實驗室、檢測中心共19個。與州市聯合共建有魔芋所、檸檬所等7個研究所。全院學科發展涵蓋了主要農業產業和農業科研領域。農作物新品種選育、品種資源收集保存與研究、農業生物技術、分析測試、優質糧經作物種子、種苗生產繁育技術、農業工程咨詢設計等更具優勢和特色。
“十一”五以來，云南省農業科學院共獲省級以上科技成果獎勵57項，其中，其中一等獎5項，二等獎12項，三等獎40項，1人榮獲2008年度“何梁何利基金科學與技術創新獎”；選育審定登記作物新品種81個，獲得各種專利及農林植物新品種保護80項，成果應用推廣面積7000余萬畝，新增總產值48.65億元，為全省農業生產發展提供了強有力的科技支撐。
全院共有在職職工1676人，其中：專業技術人員970人,高級專業技術人員298人，中級專業技術人員396人，在職和在讀碩博士301人；國突、國貼專家26人，省突、省貼專家35人，省級學科帶頭人及后備人才25人，省技術創新人才25人，全國勞模6人，省部級勞模27人，3人榮獲“五一獎章”，1人榮獲我省首屆科學技術突出貢獻獎，2人入選新世紀國家百千萬人才。在省委省政府的領導下，通過多年的發展，云南省農業科學院已成為設備先進、學術水平高、研發能力強，對云南省農業發展有重要影響的農業科研機構，是云南農業和農村經濟發展中的科技骨干力量。