鄂爾多斯市農牧業科學研究院于2012年3月由原鄂爾多斯市農業科學研究所和畜牧獸醫科學研究所整合組建而成，同年7月增設為內蒙古農牧業科學院分院。下設院辦公室、玉米研究所、作物研究所、畜牧獸醫研究所、草原生態研究所、蔬菜研究所、土肥植保研究所、科研綜合試驗站等工作機構。現有在職職工41人，其中技術人員24人。技術人員中有碩士3人，正高級2人，副高級13人。主要研究領域為農作物良種選育、家畜禽標準化養殖、草原生態。優勢學科是玉米、雜糧、細毛羊、絨山羊、草原。
多年來，全院先后育成農作物良種28個，研究引進與推廣成果70項。在玉米、優良牧草篩選、絨山羊、細毛羊、奶食品及其他畜禽品種資源調查和生產性能等研究領域共獲科技成果獎49項，其家級2項，省部級獎26項。
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